Você já sabe que precisa especificar a classe da janela no arquivo .desktop para que o programa seja agrupado corretamente. Como ele não é agrupado corretamente, provavelmente eles não coincidem. Para descobrir a classe de janela do seu aplicativo em execução, faça o seguinte: - Inicie o aplicativo - inicie um terminal - execute "xprop" no terminal - clique na janela do programa
Agora, você obtém as propriedades da janela impressas no terminal. Perto do final deve estar uma linha "WM_CLASS". Ele contém uma ou mais Strings, que são as classes de janela atribuídas à janela do seu programa. Tente encontrar um que seja exclusivo para a sua janela (os aplicativos Wine parecem ter "Wine" como uma classe de janela, o que provavelmente faz com que suas janelas apareçam com o ícone Wine, portanto, leve o outro se houver um). Use esta String (apenas uma, não ambas) na propriedade StartupWMClass do seu arquivo .desktop.
Se você já fez exatamente isso, receio não poder ajudar você ...