Tenho certeza de que o Windows HPC funcionará bem para o uso proposto, mas sim, ele está focado nos clusters de estilo tradicionais HPC / Beowulf. Se você estiver apenas desenvolvendo código / executando o Matlab, provavelmente não há vantagem em usar o HPC do Windows Server até chegar a hora de implementar seu código em um cluster ou se você precisar desenvolver / testar material MPI.
As maiores diferenças são que o HPC do Windows Server inclui itens como a pilha MPI da Microsoft e uma pilha de rede otimizada do HPC, além de coisas como um agendador de tarefas.