Se os seus usuários estiverem se autenticando no AD, é provável que você precise de licenças de SPLA autenticadas para o seu servidor. No entanto, sua melhor opção é ligar para o Licenciamento MS e perguntar a eles. Uma aposta ainda melhor é chamar o licenciamento de MS mais de uma vez e perguntar a pessoas diferentes, pois as respostas costumam variar.
Dito isso, existe alguma razão pela qual seu aplicativo da Web precisa usar o AD para armazenar suas contas de usuário? Usar contas de usuário do AD geralmente só é realmente feito quando você precisa de outros recursos do AD, como o Exchange ou o SharePoint Access, se você só precisa autenticar os usuários, por que não apenas armazenar contas de usuário no banco de dados. Você economizará muito dinheiro porque precisará apenas de uma Licença do Windows não autenticada.