Você não pode ter mais de 50 instâncias em um único servidor, e o limite prático é provavelmente menor do que isso, cada instância terá uma boa quantidade de sobrecarga de memória; Se você for executar várias instâncias, você precisa ter certeza de gerenciar sua memória; Se você usar apenas os padrões, todas as instâncias consumirão o quanto for necessário e você terá um pesadelo de desempenho.
Se você comprar a edição Enterprise do SQL e a licença por processador, poderá dimensionar as VMs muito longe, certamente além de 50.
Mas muito depende do aplicativo, do tamanho do banco de dados, da taxa de crescimento, do orçamento, etc.