Se você carregar o perfmon e examinar os dados do .NET CLR, há vários contadores de desempenho que você pode carregar para ver o número de pools, o número de conexões em pool, as conexões com falha, os comandos com falha.
Considere que o conjunto de conexões padrão para 100 conexões no pool por processo (por appdomain) por padrão. É possível que você esteja olhando para a exaustão da piscina?