Vá para Sistema → Administração → Gerenciador de Pacotes Synaptic.
Realce o kernel instalado e escolha Pacote → Bloquear versão na barra de menus.
Se, por algum motivo, você ainda receber uma solicitação de atualização, poderá usar
sudo aptitude hold <the installed kernel package>
para o mesmo efeito.
dpkg --set-selections
tem o mesmo objetivo também.