Não é possível excluir arquivos de uma cota de disco, pois a cota, por design, é gerenciada no nível do volume.
Uma maneira de tentar circunscrever esse problema no seu caso particular é:
- crie um volume separado
- renomeie sua pasta
public
atual e crie uma nova vazia no mesmo local - monte este volume exposto não como uma carta de volume, mas exposto na sua pasta
public
- mova de volta seus
public
dados para o novo volume montado - aplique sua cota ao seu volume principal e, claro, não aplique cotas no volume
public
montado