Meu palpite é que o Apache está tentando escrever o arquivo PID depois quando o Apache pensa que está tentando gravar em / var / chroot / apache / var / run / apache2.pid , ele está tentando gravar em /var/chroot/apache/var/chroot/apache/var/run/apache2.pid
Verifique os arquivos de configuração do Apache para ver o que o PidFile está definido - provavelmente deve ser apenas
PidFile /var/run/apache2.pid
Veja o link para outros ajustes de configuração que você pode precisar fazer para usar o mod_chroot com o Apache 2. x