Nenhuma delas é realmente uma boa opção.
O software RAID oferece alguma redundância, portanto, a probabilidade de você ter que fazer uma instalação bare-metal é um pouco menor (e provavelmente significa que o seu pendrive USB também seria inútil se o seu servidor não funcionar). No entanto, é sempre uma boa ideia ter tantos meios de restaurar backups quanto possível, apenas certifique-se de criptografar seus backups antes de colocá-los no pendrive.
Além disso, você pode querer olhar para uma solução de backup externo. O stick USB pode funcionar por enquanto, mas eu usaria apenas como uma solução temporária.
Colocar o backup na segunda partição parece ser contra-intuitivo e provavelmente não o ajudará no resultado de um desastre.
Só mais uma coisa a considerar é que quanto mais você escreve no pendrive, mais provável que ele falhe, pen drives USB, ao contrário dos discos rígidos, falhará após uma certa quantidade de gravações em cada bloco de memória, enquanto os discos rígidos simplesmente terá mais chance de falhar à medida que o tempo de uso aumenta.
A melhor coisa a fazer seria obter uma solução de backup externo. Ao lado disso, seria para obter uma unidade externa para anexar ao servidor para fazer o backup. Além disso, seria necessário obter uma unidade interna (e independente) para armazenar o backup. Ao lado disso, estaria o pendrive. Eu tenho pouca fé em dispositivos NAND para backups.