Eles precisam apenas realocar uma cópia de trabalho para o novo repositório que (uma vez atualizado) terá todo o conteúdo dos 2 repositórios originais, então a segunda cópia de trabalho pode ser descartada.
Você não precisa se preocupar com UUIDs.
Pessoalmente, se fosse eu, e não me importava com o histórico, criaria um novo repositório em branco, exportaria a revisão mais recente de ambos os repositórios existentes e os importaria (talvez em pastas pai no novo repositório - Por exemplo, / old-repo1 / stuff, / old-repo2 / stuff), em seguida, peça aos usuários para desconsiderarem ambas as cópias de trabalho e verificarem uma nova.
Obviamente, certifique-se de que todos os usuários tenham confirmado todas as alterações pendentes antes de fazer isso!