Como eu disse no comentário, a minha falha acabou por ser que o php já estava configurado com o lighttpd com o arquivo de configuração já sendo colocado na pasta conf-eneabled:
/etc/lighttpd/conf-enabled/10-fastcgi.conf
Acabar de apagar meu próprio código fastcgi dentro de /etc/lighttpd/lighttpd.conf corrigiu meu problema, espero que ajude qualquer um que tenha o mesmo problema.