O caminho mais fácil seria o DNS roundrobining de vários hosts de FTP. Em seguida, usando o NFS, monte as unidades na rede.
Você pode configurar o PureFTPd com mySQL / qualquer autenticação. Para ser honesto aqui, o principal problema disso não é a quantidade de usuários - já que com muita RAM, um daemon de FTP meio decente irá escalar bem - mas em E / S para seus discos. Esse é provavelmente o maior gargalo. É tudo muito bom ter NICs de gigabit duplo para internet disponível, mas bastante inútil se seus HDDs tiverem menos de um gigabit.