Eu vi o problema que você descreveu, porque eu uso FSFS em vez de BDB desde que eu possa identificar onde ocorreu a corrupção Eu posso editar os arquivos de texto para corrigir a inconsistência, isso funcionou para svnadmin verify
positivo e corrupção negativa.
Eu hospedo o Subversion através do Apache com mod_dav_svn, mais de uma vez foi sugerido que poderia ser um problema de encadeamento do Apache.