eu vejo que você tem 15% de espera io - da minha experiência isso é causado pelo mysql
io wait significa que o kernel está esperando pelos discos rígidos - e isso é muito lento
então se você usar innodb no mysql você deve aumentar o valor do buffer pool em my.cnf
um buffer pool maior diminuirá a espera io.
adicionalmente você deve tentar matar alguns processos para liberar alguma memória ou atualizá-la