(respondendo a mim mesmo ...)
Não, isso não funcionará. Desligar o servidor na Cidade B enquanto as funções FSMO são apreendidas do servidor na Cidade A efetivamente tornarão órfão o servidor da Cidade B, já que ele não terá mais um ponto de contato na rede.
As soluções alternativas seriam deixar o servidor na Cidade B on-line ou até mesmo usar esse servidor para assumir as funções de FSMO.