Se suas ferramentas funcionam ou não, a medição de CPU de dentro de uma VM é totalmente inútil, qualquer dado que você recebe é falho. Isso ocorre porque o sistema operacional e / ou ferramenta pressupõe que ele tenha controle total da CPU (na verdade, virtual), de modo que a medição é baseada na carga ao longo do tempo e o tempo não é linear na VM devido ao fatiamento de tempo.
Meça do hipervisor, é a única maneira de saber o que está acontecendo.