Eu não estou familiarizado com o sistema Magix, mas se este projeto é capaz de produzir com sucesso em qualquer formato de vídeo, então a sua melhor aposta é exportar o vídeo, em seguida, transferir com ffmpeg .
Existe um utilitário GUI gratuito para o ffmpeg chamado winff , disponível nos repositórios padrão do ubuntu.
sudo aptitude install winff
É fácil, (para uma aplicação de conversão de vídeo) ... e faz a conversão muito bem de quase qualquer formato para quase qualquer outro.
Imagens de winff:
