Por que correr o risco? Se eles não estiverem na webroot, eles nunca poderão ser atendidos pelo Apache por engano. Claro que não deve fazer diferença, mas vai contra o Principal de menor privilégio .
Além disso, você normalmente deseja ter sua pasta pública como a raiz do URL, enviando pessoas para www.example.com/home/username/public_html parece um pouco confuso?