Com um pouco de pesquisa adicional, aprendi que o sinalizador 'L' diz ao IIRF que não processe mais padrões se o atual corresponder ". Portanto, minha solução foi modificar o iirf.ini do encadeamento acima da seguinte forma:
# Do not pass to drupal if the file or directory exists
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -f [OR]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -d
RewriteRule ^ - [L]
# Handle query strings on the end
# firstly for the subfolder without the L flag
RewriteRule /mysubfolder/(.*)\?(.*)$ /mysubfolder/index.php\?q=$1&$2 [I]
# then for the root
RewriteRule /(.*)\?(.*)$ /index.php\?q=$1&$2 [I,L]
# now pass through to the generic handler
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
# firstly for the subfolder without the L flag
RewriteRule ^/mysubfolder/(.*)$ /mysubfolder/index.php?q=$1 [I]
# then for the root
RewriteRule ^/(.*)$ /index.php?q=$1 [I,L]
HTH.