Se você estiver usando o Apache, você pode simplesmente usar os mecanismos de controle de acesso padrão do Apache ("require user", "require group", etc. dentro de blocos). Não há nada particularmente especial sobre o WebDAV.
Quanto ao seu segundo parágrafo, sobre o qual não tenho certeza. Uma solução feia, se suas permissões não estão mudando com tanta frequência, seria ter um script externo em geral, uma configuração do Apache do banco de dados e, em seguida, reiniciar o Apache.