Depende de como o aplicativo é projetado para lidar com problemas de rede com arquivos abertos. Eu tive alguns que parecem pesquisar e reabrir alças, se possível, mas outros (escritório especialmente) irão travar ou bloquear ou se recusar a deixar o usuário salvar mais (eles só podem salvar o trabalho abrindo um novo documento e copiando e colando e salvando novamente o novo documento).
A menos que você não possa evitá-lo, salve e saia do aplicativo para que todos os arquivos abertos estejam em "0" antes de reiniciá-lo. Faça atualizações e alterações depois de horas se for necessário. Caso contrário, você terminará com corrupção e usuários insatisfeitos, mesmo que você consiga se livrar disso de vez em quando, chegará um momento em que você será pego por brincar com seus dados.