Verifique o /etc/pam.d/system-auth ... o pam controla a autenticação, o nsswitch.conf faz a consulta do uid- > mapeamento de nomes, grupos, etc. Você desejará que os módulos pam do unix vem antes dos módulos do pam do mesmo modo.
Existe uma maneira que eu posso fazer da mesma forma verificar o arquivo passwd primeiro? Atualmente, o nsswitch.conf diz arquivos primeiro. No entanto, quando tentei fazer o login na caixa como usuário root, fiquei pendurado até remover o cabo de rede. Isso foi como login direto no console, então foi uma pesquisa reversa do ssh ou qualquer coisa assim.
Algo em pam, talvez?