Em geral, o Apache nunca deve falhar na segmentação. Eu usaria um servidor de teste e ligaria todos os logs, além de espiar o processo com strace para ver onde ele está se separando.
Se você tem certeza de que é mod_include, certifique-se de que ele é compilado com a mesma versão do apache que você está executando - se ele foi compilado para uma versão diferente que poderia explicar os segfaults.