Estou sofrendo o mesmo problema e estou depurando isso. Embora não tenha encontrado a causa raiz, descobri que o problema está no cache de glifos do Cogl para o Pango. Você pode usar um depurador para limpar esse cache. Vou detalhar os passos aqui, mas devo avisá-lo que esta é uma opção bastante especializada.
Preparação que você precisa fazer uma vez para fazer a solução funcionar:
sudo apt-get install gdb gnome-shell-dbg libclutter-1.0-dbg libcogl-pango20-dbg
Então, sempre que você encontrar o problema, limpe o cache da fonte executando a seguinte linha de comando:
sudo gdb -p 'pgrep -u $USER -x gnome-shell' <<<"print /r _cogl_pango_renderer_clear_glyph_cache((CoglPangoRenderer*)(_cogl_pango_font_map_get_priv(clutter_context_get_pango_fontmap())->renderer))"
Isso funciona de forma esplêndida para mim, mas devo avisá-lo de que, se esse comando der errado por algum motivo, ele poderá travar seu sistema. Se isso acontecer, uma reinicialização é a única coisa que corrige isso.
Vou investigar mais sobre o que, exatamente, está errado com o cache de glifos e abrir um relatório de erros no envio de dados.
Espero que ajude!
Explicação da linha de comando: a parte entre os backticks encontra o id do processo para gnome-shell . Isso é usado para anexar o depurador gdb ao processo; você precisa ser root ( sudo ) para fazer isso. A parte entre <<<" e " é a chamada de função para limpar o cache de glifos.