Interessante, estou tendo problemas semelhantes. No entanto, meu comportamento é diferente.
Para mim, os # sinais são reconhecidos corretamente no Windows Server 2003 (SP2) e no Vista. Mas eu tenho o mesmo problema com o XP SP2.
Uma coisa interessante a se notar também, typeperf pode parecer listar ou mostrar os contadores com # sinais, simplesmente não consegue reportá-los quando você os fornece como entrada, a partir da linha de comando ou de um arquivo de entrada de contador.
O Perfmon pode relatá-los bem. Eu me pergunto por que toda essa diferença.
Pena que não há usuários do tipo typeperf suficientes para resolver isso ou investigá-los pela Microsoft ou por outras pessoas.