Se eu entendi a sua pergunta corretamente, você está basicamente perguntando isso:
does it affect to change the HZ setting when compiling my own kernel when using the CFS?
Se essa é a sua pergunta, eu diria - mas perdoe se estou errado sobre isso - você está fazendo isso muito complicado. O algoritmo CFS foi projetado para fornecer a todos os aplicativos uma quantidade igual (justa) de tempo de execução na CPU. Essa quantia igual tem que ser medida de alguma forma - e eu não sou capaz de explicar em detalhes como isso funciona - mas aparentemente o CFS "não depende de nenhum detalhe ou outro detalhe da HZ" para isso. Isso é tudo o que precisamos saber para responder sua pergunta, eu acho.
Como o CFS é completamente justo e projetado com esse único propósito, ajustar a quantidade de HZ ao compilar seu próprio kernel nunca pode tornar o CFS mais ou menos "justo". Portanto, eu diria que alterar a quantidade de HZ ao compilar seu kernel para qualquer quantidade arbitrária não afetará o desempenho do CFS.
Dito isto, há outras razões pelas quais alguém ajustaria a quantidade de HZ ao compilar um kernel. O gerenciamento de energia é uma das razões que vem à mente, consertar o tempo em algumas marcas de máquinas virtuais é outra, mas tenho certeza de que existem muitas outras.
Então, todos juntos, minha resposta seria: não, no que diz respeito ao SFC, provavelmente não faz sentido (isto é, afeta o desempenho) do SFC, mas sim faz sentido para uma série de outras possíveis razões. Otoh, um kernel sem ticks pode atenuar tudo isso novamente e eu não tenho certeza sobre até que ponto os kernels do momento foram capazes de ser incertos, coincidindo com o momento em que o CFS foi introduzido.