Felizmente, você descobriu que o servidor foi comprometido, ótimo.
Infelizmente, você terá que limpá-lo e recarregá-lo para chamá-lo de "seu" novamente, já que não saberá o que foi feito no sistema e nenhuma verificação e reparo encontrará todos os kits raiz e similares para você.
Além disso, você deve evitar o uso de navegadores da web em um servidor, pois esse é um vetor de ataque muito grande.