O Tomcat não é um contêiner J2EE; É um contêiner servlet. Um contêiner J2EE é um contêiner de servlet mais um monte de padrões e bibliotecas Java que são usados para aplicativos corporativos. Isso inclui JMS, JTA e EJB. O Tomcat não vem com todas essas tecnologias, mas é possível juntá-las. Um contêiner J2EE como o JBoss já os possui.
No entanto, se seus desenvolvedores recomendam o Tomcat, o Tomcat deve fazer o trabalho. Teoricamente, o tomcat deve ser tão simples quanto fazer o download e extrair o tarball do tomcat, copiar o arquivo .war para o diretório webapps e executar o ./bin/startup.sh. Claro, a prática nem sempre é tão simples se você precisar fazer algo estranho. O log do tomcat e seu aplicativo nem sempre fornecem pistas óbvias sobre o que está errado. O método usual é aumentar os níveis de log. Gostaria de aprender a configuração do log4j. Configurar as coisas para o DEBUG e filtrar as classes desnecessárias irá ajudá-lo muito.
5.000 transações por dia são bastante leves e uma instalação padrão do tomcat deve suportar isso sem qualquer ajuste muito feliz. Nós fazemos 3-5M página serve em um conjunto de 10 servidores tomcat sem problemas. Você pode querer usar o Apache na frente do seu tomcat e usar mod_jk ou mod_proxy_ajp para falar com o Tomcat. Isso lhe dará a capacidade de configuração do Apache, com coisas como mod_rewrite e mod_deflate, que o Tomcat não suporta sem você programar você mesmo.
Eu recomendaria ler a documentação do Tomcat e Tomcat: o guia definitivo