Em algum lugar, de alguma forma, suas alterações não estão sendo gravadas no disco. Sem informações adicionais, será difícil determinar qual é a causa raiz dela.
Quantas unidades o sistema está configurado para? Qual é a configuração das próprias unidades? (Vejo que você mencionou que é um RAID-1). É RAID de software ou hardware? A imagem está sendo executada em uma VM ou é nativa? O que é o sistema de arquivos envolvido? Você está usando o LVM? Em caso afirmativo, você está trabalhando fora de um instantâneo?