Eu sei com certeza que o NetMeeting se conecta ao driver de vídeo, portanto, meu palpite é que o ato de executar o NetMeeting está alternando o driver para um modo que soluciona o problema de desempenho de gráficos Java. As máquinas ruins, por acaso, têm um adaptador de exibição diferente para os outros?
De qualquer forma, mesmo que não, com base nessa teoria, você pode obter alguns resultados de combinações de configurações no Painel de controle de exibição. Eu olharia para deixar uma má máquina de lado como um teste, reproduzisse o problema com as configurações padrão, desligasse todos os efeitos (assim como desativaria "mostrar o conteúdo da janela enquanto arrastava" e ajustaria a aceleração de hardware para "nenhum") gradualmente subir de lá até você acertar o jackpot.