Pelo que você escreveu, não consigo dizer se deseja que a autenticação esteja no nível do Apache (servidor) ou no nível do php (aplicativo).
Se você quiser fazer isso no nível do Apache:
Você pode usar autenticação básica / simples com o mod_auth_ldap module para restringir o acesso a diretórios e sub-diretórios específicos. Se você usar isso, você deve usar mod_ssl para que as senhas não possam ser detectadas.
Se você quiser fazer isso no nível do aplicativo com o php, você deve perguntar no stackoverflow.