Provavelmente porque você ainda não escreveu nada para ele. O InnoDB irá reutilizar as linhas apagadas existentes antes de tentar gravar dados em novos lugares no tablespace do InnoDB.
Eu configurei a seguinte configuração no MySQL5.0
innodb_data_file_path = ibdata1:2000M;ibdata2:10M:autoextend:max:16000M
Embora os dados aumentem, o tamanho do ibdata2 não é alterado
Por que o tamanho do mysql ibdata2 não muda?
Provavelmente porque você ainda não escreveu nada para ele. O InnoDB irá reutilizar as linhas apagadas existentes antes de tentar gravar dados em novos lugares no tablespace do InnoDB.
Você configurou um espaço de tabela 2G em ibdata1 e um espaço de tabela de 10M em ibdata2. A InnoBase irá encher o ibdata1 antes de continuar a estender o ibdata2. Se você tiver menos de 2G de dados, o ibdata2 não terá nada nele.