Até onde eu sei, o Windows 2008 não depende diretamente da ferramenta de auditoria para qualquer funcionalidade de sistema pronta para uso. Em outras palavras, alterar as configurações não deve ter efeitos colaterais.
Se você ativou as configurações de auditoria, é necessário ter uma lista de requisitos para isso - você deve confiar nas auditorias para algum propósito e ter um conjunto de requisitos em termos do que está registrado e do que não está logado. Use essas informações para decidir o que registrar e quando.