A pilha em si é boa (Existem alguns problemas não relacionados entre o IIS e o PHP, mas como você usa o Apache, esse não será o caso), mas tenha em mente que alguns aplicativos PHP podem ter dependências no Linux - eu tenho visto mais de um aplicativo que tinha codificado / tmp como caminho de arquivo temporário, ou que tentava usar os comandos exec / system para executar comandos do Linux.