Talvez tente alterar o comando SHUTDOWN padrão do server.xml
<Server port="8005" shutdown="SHUTDOWN" debug="0">
para algo como
<Server port="8005" shutdown="0fbb9aebcbfbef203eca71b6be367859" debug="0">
Qualquer coisa que envie "SHUTDOWN" para a porta padrão irá parar o tomcat, talvez o seu httpd esteja enviando através do conector ou algo assim. referência 1 , referência 2