A menos que o software de gerenciamento de RAID relate se o NCQ está sendo usado, não acho que você possa ter certeza. No entanto, a documentação do controlador deve informar se o NCQ é suportado.
Em qualquer caso, desde que você tenha write-back habilitado o controlador RAID deve gerenciar gravações em disco, bem como NCQ, se não melhor.
JR
Bem link afirma que o NCQ é suportado. Dado o quanto você pagou por isso, acho que você deve deixar a preocupação para o EonStor e sentar com uma xícara de café: -)