O mod_rewrite pode usar backends de banco de dados usando a diretiva RewriteMap, o que provavelmente significa que pode se adaptar muito bem a um grande número de redirecionamentos.
Existe até uma maneira de se conectar um programa para calcular redirecionamentos programaticamente, se você quiser, mas se você puder fazer isso, ele pode se encaixar melhor se você fizer isso no código.
Como sempre, sugiro que você configure um ambiente de teste e faça um benchmark um pouco.