O protocolo FTP não inclui informações de tamanho no comando STOR:
Então eu duvido que você encontraria algum cliente FTP puro que faria isso. Você pode encontrar algum fornecedor que tenha implementado uma extensão proprietária, mas isso exigiria que o cliente e o servidor os suportassem. Você diz "clientes", portanto, se isso inclui clientes internos e externos, você pode ter problemas para forçá-los a usar software diferente.
Uma rápida olhada no rascunho do SFTP não indica que a mensagem do arquivo de gravação também inclui um tamanho de arquivo.
O protocolo SCP inclui um parâmetro de tamanho em seu comando de cópia de arquivo e há clientes da GUI do Windows que suportam SCP (em vez de SFTP), mas você precisa verificar se o servidor pré-aloca usando o parâmetro size. No lado positivo, o código está disponível, portanto, você pode criar seu próprio daemon do Windows SSH / SCP que pré-aloca. Mas isso é um pouco exagerado para o problema que você descreve.