Uma pergunta interessante, embora eu possa não ter a solução perfeita para você.
Veja, o pppd precisa da sua senha de mesmo nível para poder enviá-la por telefone e enquanto escreve sua senha em uma pequena caixa de mascarados geralmente é melhor do que gravá-la de forma clara em seu sistema, os resultados geralmente são mesmo.
Na maioria dos programas, as senhas são armazenadas em texto não criptografado ou protegidas por algum tipo de porta-chaves.
O que eu recomendo é que você use um sistema de arquivos criptografados para seus arquivos de configuração "sensíveis" e restrinja o acesso ao arquivo em seu sistema (com chmod) para que você seja o único capaz de lê-lo.