Com base nos dados fornecidos, você tem algo acontecendo. Suas filas de disco são segundos por leitura e segundos por contadores de gravação são muito maiores do que você deseja. Agora, a pegadinha aqui é que isso não significa que é um problema de disco, apenas que os discos estão sendo atingidos. Você poderia ter um problema de indexação ou um problema de estatísticas, o que está fazendo com que o SQL Server atinja os discos com mais força do que o necessário.
Comece examinando os índices no banco de dados e veja se é necessário criar novos índices. Isso aumentará o tamanho do seu banco de dados, mas você verá uma redução no tráfego para o disco e uma diminuição no tempo de execução da consulta.
Você pode começar examinando os planos de execução de suas consultas de longa duração, que lhe dirão onde você precisa adicionar índices.