Atenção, o seguinte envolve a formatação da unidade. A formatação geralmente apaga arquivos e salva o conteúdo para BACKUP dos arquivos ANTES DE INICIAR, pois esse processo pode muito bem e provavelmente excluirá tudo no dispositivo !!!
Você pode criptografar o dispositivo usando os seguintes comandos:
sudo apt-get update
sudo apt-get install cryptsetup gnome-disk-utility
Pesquise e abra o utilitário de disco em seus aplicativos. Selecione seu dispositivo na seção Dispositivos periféricos.
Clique no botão Desmontar volume . Em seguida, clique no botão Formatar volume e ative "Criptografar dispositivo subjacente".
Novamente, a formatação apagará o dispositivo , então verifique se você está formatando a unidade correta e fez backup dos arquivos antes de continuar
Você será solicitado a criar uma frase secreta para o dispositivo e também terá outras opções para o sistema lembrar a senha ou não.
Source (clique aqui para mais informações): www .howtogeek.com / 115955 / como criptografar dispositivos de armazenamento removíveis com o Ubuntu /