Não, não há como descobrir qual usuário usa o tipo de conexão "atalho". O servidor de arquivos apenas vê arquivos (e pedidos para eles) - independentemente se a requisição veio através de um caminho UNC, uma unidade mapeada, um SMB-URI ou um smbclient auto-escrito. Não há diferença em usar (por exemplo) links salvos na área de trabalho, passando por árvores de pastas remotas ou usando um atalho (como unidades mapeadas).
Mas se você estiver usando o DFS, haverá um AD no qual você sempre poderá usar os GPOs para mapear unidades para caminhos. Que é o que quase 99,99% de todas as redes de negócios fazem.