Eu notei isso também. Eu vou ter meu volume mestre definido em um determinado lugar. Então, aumentarei apenas um dos controles deslizantes do aplicativo em questão. Então parece que da próxima vez que eu ouço um beep do Windows ou algum outro som do sistema é muito alto.
A razão pela qual isso acontece é que o controle de volume principal e os controles de volume do aplicativo não são totalmente independentes um do outro.
Faça isso: Abra alguns vídeos ou aplicativos de áudio e abra o mixer de volume. Abaixe o controle de volume principal. Em seguida, aumente o volume em um dos aplicativos e retorne ao volume principal. Você notará que o volume principal também aumentou.
Até onde eu sei, isso é por design e não há como alterar seu comportamento.