A chave SSH é usada apenas para descriptografar a senha Administrador nas instâncias do Windows EC2, não para o registro em log real.
No seu caso, basta criar usuários locais no seu Windows EC2 ou associar a máquina ao seu domínio do Active Directory para usar contas de usuários compartilhadas. Assim como qualquer outra máquina Windows.
Espero que ajude:)