Eu resolvi o problema até agora usando esta sintaxe:
<Configure class="org.jboss.jetty.JBossWebAppContext">
<Set name="VirtualHosts">
<Array type="java.lang.String">
<Item>host1.domain.com</Item>
<Item>host2.domain.com</Item>
</Array>
</Set>
</Configure>
O problema é que TODOS os webapps precisam dos hosts virtuais definidos se estiverem em execução no mesmo contêiner. Por alguma razão, a implementação de um WAR com hosts virtuais e um sem não funcionou. Isso funcionou bem no Jetty 5, por isso estou confuso, no entanto, definir arquivos de hosts virtuais para todos os aplicativos que precisam disso não será um problema.