Você tem algumas opções:
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Atribua IPs elásticos às instâncias. Os EIPs são permanentes e não mudam quando você encerra / reinicia as instâncias. Portanto, não haverá necessidade de continuar atualizando os IPs e você também pode bloquear os Grupos de segurança porque você terá um conjunto de IPs conhecido e permanente. Observe que há um pequeno custo para EIPs ociosos.
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Configure o Peering VPC entre regiões se suas VPCs tiverem intervalos de IP sem sobreposição. Dessa forma, as instâncias podem falar sobre seus endereços IP privados.
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Configure VPN entre as regiões. Provavelmente é um exagero para a sua situação, pois vai custar mais para você executar os VGWs (VPN Gateways) ou as instâncias VPN EC2 dedicadas.
Espero que ajude:)