Eu acho que você deveria pelo menos poder adicionar cabeçalhos quando você configura páginas de erro personalizadas com um ErrorDocument Directiva e, em seguida, adicione Header diretivas no Location das páginas de erro personalizadas.
ErrorDocument 404 /error-pages/404.html
ErrorDocument 500 /error-pages/500.html
<Location /error-pages/>
Header always unset ETag
Header always set Cache-Control "max-age=0, no-cache, no-store, must-revalidate"
Header always set Pragma "no-cache"
</Location