Você deve ser capaz de:
Desinstale o AzureAD Connect do servidor e execute o seguinte (comando do AzureAD PowerShell V1)
Set-MsolDirSyncEnabled –EnableDirSync $false
Isso deve converter seus usuários que estão sincronizados com contas na nuvem e manter as senhas existentes (supondo que a sincronização de senha esteja ativada).
Se você não precisa dos objetos de usuário sincronizados no Office365, pode aproveitar a sincronização para ajudar na limpeza. Antes de desabilitar o AzureAD Connect, crie uma OU vazia, execute novamente o assistente do AzureAD Connect e selecione a unidade organizacional vazia para sincronizar. Quando a sincronização for executada, ela não verá nenhum usuário e excluirá as contas sincronizadas no AzureAD / Office365. Depois que o diretório estiver limpo, você poderá executar as etapas acima para desativar a sincronização no diretório.
REF: ligação href="https://docs.microsoft.com/en-us/powershell/module/msonline/set-msoldirsyncenabled?view=azureadps-1.0">