Existem muitas possibilidades.
Pode ser que a unidade USB esteja falhando. Isso pode acontecer se for muito usado.
Remover a unidade USB sem a desmontar primeiro também pode causar corrupção de dados. Para desmontar do nautilus, clique no botão de ejeção ao lado da unidade USB. A desmontagem garante que todos os dados tenham sido gravados no disco USB.
Você pode verificar se o arquivo foi copiado com sucesso usando o md5sum. Para fazer isso, abra um terminal e digite
md5sum path/to/original.file /media/user/disk/copied.file
onde caminho / para / original.file é o arquivo que você copiou, e /media/user/disk/copied.file é a cópia em seu USB. Você deve ver duas linhas, como
b42a1f78f6cecf01ef8f65c77f5b6006 original.file
b42a1f78f6cecf01ef8f65c77f5b6006 /media/user/disk/copied.file
Se os dois números à esquerda corresponderem (como neste caso), você pode ter certeza de que o arquivo foi copiado com sucesso. Apenas no caso, se for muito importante, eu desmontaria a unidade USB, puxaria e conectaria de volta, antes de usar o md5sum.