Se alguns outros comandos aws cli funcionarem para você, o motivo mais provável é que exista um Perfil da Instância anexado à instância.
Perfis de instâncias são criados a partir de funções do EC2. Para descobrir qual papel do IAM é usado para o perfil, use
aws sts get-caller-identity --query Arn
A saída é assim:
"arn:aws:sts::$accountID:assume-role/$rolename/$instanceID"
em que $instanceID
é o nome da função do IAM que você está procurando. Sua necessidade de adicionar a permissão do IAM glacier:ListVaults
a essa função.